তার ইন্তেকালে গভীর শোক প্রকাশ করে ইসলামী যুব আন্দোলনের কেন্দ্রীয় সভাপতি কে এম আতিকুর রহমান ও সেক্রেটারী জেনারেল মাওলানা মুহাম্মাদ নেছার উদ্দীন এক যৌথ বিবৃতিতে বলেন,
আল্লামা শাহ আহমদ শফীর ইন্তেকালে জাতি একজন মুরব্বি হারিয়েছেন। তিনি এলমে দ্বীনের খেদমত এর পাশাপাশি ইসলামের শত্রু তথা নাস্তিক মুরতাদের জন্য এক আতংক ছিলেন। তার আহবানে দেশের কোটি তাওহিদি জনতা ইসলাম, দেশ ও মানবতা রক্ষার্থে ময়দানে ঝাপিয়ে পড়তে সদা প্রস্তুত থাকতেন। তার ইন্তেকালে ইসলামী জগতে যে শূন্যতা তৈরি হলো তা সহজে পূরণ হবে না।

নেতৃদ্বয় হযরতের শোকসন্তপ্ত পরিবারের প্রতি গভীর সমবেদনা ব্যাক্ত করেন এবং মরহুমের সকল খেদমতের উছিলায় জান্নাতের উচ্চ মাকাম দানের জন্য মহান আল্লাহ তা’আলার দরবারে দোয়া প্রর্থনা করেন।